按工藝要求維持潔凈棚與周圍空間的微小差壓，可正壓或負(fù)壓。微差壓可通過送風(fēng)口，回風(fēng)口或余壓閥來控制。壓差控制在凈化空調(diào)系統(tǒng)中是一個(gè)很重要的環(huán)節(jié)。只有通過對凈化區(qū)域的壓差進(jìn)行控制，保證合理的氣流組織，才能完成凈化和工藝的要求。
例如
潔凈棚要保持正壓使外界未經(jīng)凈化的空氣不會進(jìn)人凈化區(qū)域，了解潔凈級別；并且通過對各凈化區(qū)域的不同的壓差控制，實(shí)現(xiàn)凈化分區(qū)的作用，在GMP中就要求不同凈化級別區(qū)域的壓差應(yīng)控制不小于+5Pa。在生物安全潔凈室中，壓差控制也是保障安全防護(hù)屏障的一種方法，要求使實(shí)驗(yàn)室的負(fù)壓梯度有一個(gè)穩(wěn)定可靠的控制。因此對于凈化空調(diào)系統(tǒng)來說，壓差控制是很重要的。
潔凈棚內(nèi)壓力保持高于外部壓力，則為正壓潔凈室：反之稱為負(fù)壓潔凈室。正壓與負(fù)壓是相對而言的，一個(gè)潔凈室對大氣而言是正壓潔凈室，但對另外一個(gè)房間而言可能是負(fù)壓潔凈室。規(guī)定不同等級的潔凈室以及潔凈區(qū)與非潔凈區(qū)之間的壓差不小于5Pa，潔凈區(qū)與室外的壓差不小于 10Pa。棚內(nèi)走廊與非潔凈區(qū)至少維持30Pa正壓壓差。這種壓差建立的基本原理是送風(fēng)量大于回風(fēng)量、排風(fēng)量、滲漏風(fēng)量來實(shí)現(xiàn)的。
